甘肅簡牘博物館是在省委省政府領(lǐng)導(dǎo)的親切關(guān)懷下，由甘肅省機(jī)構(gòu)編制委員會(huì)于2012年12月12日批準(zhǔn)新設(shè)的省文物局下屬的縣級(jí)事業(yè)單位。核定事業(yè)編制20名，主要承擔(dān)甘肅出土簡牘的收藏保管、保護(hù)修復(fù)、整理研究和展示利用等職責(zé)。原甘肅簡牘保護(hù)研究中心的職責(zé)并入甘肅簡牘博物館。
1907年和1914年，英籍匈牙利人斯坦因（Marc Aurel Stein 1862—1943）第二、第三次中亞考察,先后在敦煌至酒泉、張掖、額濟(jì)納旗一線漢塞烽燧掘獲漢簡3000余枚，被譽(yù)為上世紀(jì)出土文獻(xiàn)的四大發(fā)現(xiàn)之一。1930年至1931年，中瑞西北科學(xué)考查團(tuán)成員瑞典考古學(xué)家貝格曼在兩漢居延地區(qū)發(fā)現(xiàn)漢簡11000余枚，是當(dāng)時(shí)中瑞西北科學(xué)考查團(tuán)的重大收獲。1949年后，又先后發(fā)現(xiàn)武威《儀禮》簡、醫(yī)藥簡、王杖簡460多枚，居延新簡（甲渠候官）8400多枚，肩水金關(guān)漢簡12000余枚，敦煌馬圈灣漢簡1200多枚，甘谷漢簡20多枚，天水放馬灘秦簡460多枚，懸泉漢簡23000多枚，水泉子漢簡600多枚，黃家灣晉簡30多枚。此外，還有一些零星的吐蕃文、西夏文的木牘。甘肅是漢簡大省，不僅出土數(shù)量多，而且在近世以來發(fā)現(xiàn)最早，研究歷史最長，是研究歷史、文化、絲綢之路、中外關(guān)系、西北邊疆的中外學(xué)者奮力耕耘的重要領(lǐng)域。
甘肅簡牘整理研究的專門機(jī)構(gòu)始自1986年。甘肅省博物館和甘肅省文物考古研究所分設(shè)后，“漢簡整研室”是甘肅省文物考古研究所的一個(gè)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)。曾先后在此工作過的同志有：初世賓、薛英群、吳礽驤、何雙全、馬建華、張俊民、張德芳、柴生芳、王元林等。
從2005年開始，甘肅簡牘的保護(hù)整理和研究利用問題受到省內(nèi)外社會(huì)各界的強(qiáng)烈關(guān)注，政協(xié)委員、人大代表連年提出提案和建議，希望有關(guān)部門重視和加強(qiáng)甘肅簡牘保護(hù)利用的力度，充分發(fā)揮甘肅簡牘作為特色優(yōu)勢文化資源的應(yīng)有效益。2007年，省編委批準(zhǔn)在甘肅省文物考古研究所加掛“甘肅簡牘保護(hù)研究中心”的牌子，增加事業(yè)編制8人，專門承擔(dān)甘肅出土簡牘的保護(hù)整理和研究利用等職責(zé)，并在用地用房以及經(jīng)費(fèi)問題上加以支持。
“甘肅簡牘保護(hù)研究中心”成立后，甘肅簡牘的保護(hù)整理研究等各方面工作上了一個(gè)新的臺(tái)階。一是開始進(jìn)行全面保護(hù)，對長期浸泡在水里的放馬灘秦簡進(jìn)行了脫水、脫色、整形、滅菌、加固、封裝等工作，對河西出土的漢簡已經(jīng)或正在采取有效措施，進(jìn)行科學(xué)保護(hù)；整理工作取得很大成績，初步文字釋讀已全部完成。延滯四十年之久的《肩水金關(guān)漢簡》陸續(xù)出版，現(xiàn)已出版壹、貳、叁三冊，使之進(jìn)入了學(xué)術(shù)研究領(lǐng)域。2014至2015年,全書五冊將全部出齊。《懸泉漢簡》的整理釋讀工作也已基本完成，從明年開始陸續(xù)出版，力爭在幾年之內(nèi)出版完畢。甘肅簡牘研究中心還多次組織簡牘學(xué)專家赴居延、敦煌等漢簡出土地實(shí)地考察，召開了甘肅省第二屆簡牘學(xué)國際學(xué)術(shù)研討會(huì)、居延遺址和絲綢之路國際學(xué)術(shù)研討會(huì)，出版了專門的論文集《居延敦煌漢簡出土遺址實(shí)地考察論文集》、《甘肅省第二屆簡牘學(xué)國際學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集》（均上海古籍出版社2012年版），陸續(xù)同西北師大合編《簡牘學(xué)研究》，并發(fā)表論文近百篇。
隨著中共十七屆六中全會(huì)精神的貫徹落實(shí)和甘肅省委省政府“華夏文明傳承創(chuàng)新區(qū)”建設(shè)戰(zhàn)略的提出，在“甘肅簡牘保護(hù)研究中心”的基礎(chǔ)上成立“甘肅簡牘博物館”，使簡牘這一特色文化資源在全省經(jīng)濟(jì)文化建設(shè)中發(fā)揮更大作用，已成為各級(jí)領(lǐng)導(dǎo)和社會(huì)各界的共識(shí)。目前，“甘肅簡牘博物館”的建設(shè)已被列入全省“華夏文明傳承創(chuàng)新區(qū)”建設(shè)的重大項(xiàng)? ??，得到省委省政府的高度重視和國家文物局的大力支持。正在積極開展選址、立項(xiàng)、建館和制定保護(hù)、整理、研究和展示利用的中長期規(guī)劃。力爭在三年之內(nèi)建成一座規(guī)劃科學(xué)、設(shè)計(jì)先進(jìn)、功能齊全的現(xiàn)代化專業(yè)博物館，為甘肅文化建設(shè)增添一座標(biāo)志性建筑。